1、微生物培養基的形態結構觀察主要是通過染色，在顯微鏡下對其形狀、大小、排列方式、細胞結構（包括細胞壁、細胞膜、細胞核、鞭毛、芽孢等）及染色特性進行觀察，直觀地了解細菌在形態結構上特性，根據不同微生物在形態結構上的不同達到區別、鑒定微生物的目的。
2、細菌細胞在固體培養基表面形成的細胞群體叫菌落（colony）。不同微生物在某種培養基中生長繁殖，所形成的菌落特征有很大差異，而同一種的細菌在一定條件下，培養特征卻有一定穩定性，以此可以對不同微生物加以區別鑒定。因此，微生物培養特性的觀察也是微生物檢驗鑒別中的一項重要內容。
1）細菌的培養基特征包括以下內容：在固體培養基上，觀察菌落大小、形態、顏色（色素是水溶性還是脂溶性）、光澤度、透明度、質地、隆起形狀、邊緣特征及遷移性等。在液體培養中的表面生長情況（菌膜、環）混濁度及沉淀等。半固體培養基穿刺接種觀察運動、擴散情況。
2）霉菌酵母菌的培養基特征：大多數酵母菌沒有絲狀體，在固體培養基上形成的菌落和細菌的很相似，只是比細菌菌落大且厚。液體培養也和細菌相似，有均勻生長、沉淀或在液面形成菌膜。霉菌有分支的絲狀體，菌絲粗長，在條件適宜的培養基里，菌絲無限伸長沿培養基表面蔓延。霉菌的基內菌絲、氣生菌絲和孢子絲都常帶有不同顏色，因而菌落邊緣和中心，正面和背面顏色常常不同，如青霉菌：孢子青綠色，氣生菌絲無色，基內菌絲褐色。霉菌在固體培養表面形成絮狀、絨毛狀和蜘蛛網狀菌落。
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