毛細管電泳（capillary electrophoresis，CE）又稱毛細管電泳（high performance capillary electrophoresis，HPCE），是一類以毛細管為分離通道、以高壓直流電場為驅動力的新型液相分離技術。毛細管電泳實際上包含電泳、色譜及其交叉內容，它使分析化學得以從微升水平進入納升水平，并使單細胞分析，乃至單分子分析成為可能。長期困擾我們的生物大分子如蛋白質的分離分析也因此有了新的轉機。
毛細管電泳根據分離模式不同可以歸結出多種不同類型的毛細管電泳，毛細管電泳的多種分離模式，給樣品分離提供了不同的選擇機會，這對復雜樣品的分離分析是非常重要的。
類型 縮寫 說明
1 單根毛細管 毛細管區帶電泳 CZE 毛細管和電極槽灌有相同的緩沖液
毛細管等速電泳 CITP 使用兩種不同的CZE 緩沖液
毛細管等電聚焦 CIEF 管內裝pH 梯度介質，相當于pH 梯度CZE
膠束電動毛細管色譜 MECC 在CZE 緩沖液中加入一種或多種膠束
微乳液毛細管電動色譜 MEEKC 在CZE 緩沖液加入水包油乳液高分子離子交換
毛細管電動色譜 PICEC 在CZE 緩沖液中加入可微觀分相的高分子離子
開管毛細管電色譜 OTCEC 使用固定相涂層毛細管，分正、反相于離子交換
親和毛細管電泳 ACE 在CZE 緩沖液或管內加入親和作用試劑
非膠毛細管電泳 NGCE 在CZE 緩沖液中加入高分子構成篩分網絡
2 單根填充管 毛細管凝膠電泳 CGE 管內填充凝膠介質，用CZE 緩沖液
聚丙烯酰胺 毛細管凝膠電泳 PA- CGE 管內填充聚丙烯酰胺凝膠
瓊脂糖毛細管凝膠電泳 Agar- CGE 管內填充瓊脂糖凝膠
填充毛細管電色譜 PCCEC 毛細管內填充色譜填料， 分正、反相于離子交換等
3 陣列毛細管電泳 CAE 利用一根以上的毛細管進行CE 操作
4 芯片式毛細管電泳 CCE 利用刻制在載玻片上的毛細通道進行電泳
5 聯用 毛細管電泳/質譜 CE/MS 常用電噴霧接口，需揮發性緩沖液
毛細管電泳/核磁共振 CE/NMR 需采用停頓式掃描樣品峰的測定方法
毛細管電泳/激光誘導熒光 CE/LIF 具單細胞、單分子分析潛力
毛細管電泳通常使用內徑為25-100 μm 的彈性（聚酰亞胺）涂層熔融石英管。標準毛細管的外徑為375 μm，有些管的外徑為160 μm。毛細管的特點是：容積小（一根100 cm×75 μm 管子的容積僅4.4 μL）；側面/截面積比大，因而散熱快、可承受高電場（100-1000 V/cm）；可使用自由溶液、凝膠等為支持介質；在溶液介質下能產生平面形狀的電滲流。有以下特點：
（1） 塔板數目在105-106 片/m 間，當采用CGE 時 ，塔板數目可達107 片/m 以上；
（2） 快速 一般在十幾分鐘內完成分離；
（3） 微量 進樣所需的樣品體積為nL 級；
（4） 多模式 可根據需要選用不同的分離模式且僅需一臺儀器；
（5） 經濟 實驗消耗不過幾毫升緩沖溶液，維持費用很低；
（6） 自動 CE 是目前自動化程度較高的分離方法。
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